syncell.trajectory.Trajectory
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.. currentmodule:: syncell.trajectory

.. autoclass:: Trajectory

   
   .. automethod:: __init__

   
   .. rubric:: Methods

   .. autosummary::
   
      ~Trajectory.__init__
      ~Trajectory.afft
      ~Trajectory.align_image
      ~Trajectory.assemble_dmat
      ~Trajectory.cluster_cells
      ~Trajectory.cluster_trajectories
      ~Trajectory.dist
      ~Trajectory.dist_with_masks
      ~Trajectory.explore_2D_celltraj
      ~Trajectory.explore_2D_celltraj_nn
      ~Trajectory.explore_2D_img
      ~Trajectory.explore_2D_nn
      ~Trajectory.featBoundary
      ~Trajectory.featBoundaryCB
      ~Trajectory.featHaralick
      ~Trajectory.featZernike
      ~Trajectory.feat_comdx
      ~Trajectory.get_Xtraj_celltrajectory
      ~Trajectory.get_all_trajectories
      ~Trajectory.get_alpha
      ~Trajectory.get_beta
      ~Trajectory.get_border_profile
      ~Trajectory.get_borders
      ~Trajectory.get_bunch_clusters
      ~Trajectory.get_cc_cs_border
      ~Trajectory.get_cell_blocks
      ~Trajectory.get_cell_boundary_size
      ~Trajectory.get_cell_bunches
      ~Trajectory.get_cell_data
      ~Trajectory.get_cell_images
      ~Trajectory.get_cell_neighborhood
      ~Trajectory.get_cell_positions
      ~Trajectory.get_cell_trajectory
      ~Trajectory.get_cellborder_images
      ~Trajectory.get_clean_mask
      ~Trajectory.get_comdx_features
      ~Trajectory.get_dmat
      ~Trajectory.get_dmatF_row
      ~Trajectory.get_dmatRT_row
      ~Trajectory.get_dx
      ~Trajectory.get_dx_alpha
      ~Trajectory.get_dx_rdf
      ~Trajectory.get_dx_tcf
      ~Trajectory.get_dx_theta
      ~Trajectory.get_embedding
      ~Trajectory.get_entropy_production
      ~Trajectory.get_fmaskSet
      ~Trajectory.get_fmask_data
      ~Trajectory.get_frames
      ~Trajectory.get_imageSet
      ~Trajectory.get_imageSet_trans
      ~Trajectory.get_imageSet_trans_turboreg
      ~Trajectory.get_image_data
      ~Trajectory.get_kscore
      ~Trajectory.get_lineage_bunch_overlap
      ~Trajectory.get_lineage_mindist
      ~Trajectory.get_minRT
      ~Trajectory.get_minT
      ~Trajectory.get_neg_overlap
      ~Trajectory.get_pair_cluster_rdf
      ~Trajectory.get_pair_distRT
      ~Trajectory.get_pair_rdf
      ~Trajectory.get_path_entropy_2point
      ~Trajectory.get_path_ll_2point
      ~Trajectory.get_pca
      ~Trajectory.get_pca_fromdata
      ~Trajectory.get_scaled_sigma
      ~Trajectory.get_stack_trans
      ~Trajectory.get_stack_trans_frompoints
      ~Trajectory.get_stack_trans_turboreg
      ~Trajectory.get_tcf
      ~Trajectory.get_traj_ll_gmean
      ~Trajectory.get_traj_segments
      ~Trajectory.get_trajectory_embedding
      ~Trajectory.get_trajectory_steps
      ~Trajectory.get_transition_matrix
      ~Trajectory.get_transition_matrix_CG
      ~Trajectory.get_unique_trajectories
      ~Trajectory.get_xtraj_tcf
      ~Trajectory.initialize
      ~Trajectory.pad_image
      ~Trajectory.plot_embedding
      ~Trajectory.plot_pca
      ~Trajectory.prepare_cell_features
      ~Trajectory.prepare_cell_images
      ~Trajectory.prune_embedding
      ~Trajectory.save_all
      ~Trajectory.save_dmat_row
      ~Trajectory.seq_in_seq
      ~Trajectory.show_cells
      ~Trajectory.show_cells_from_image
      ~Trajectory.show_cells_queue
      ~Trajectory.show_image_pair
      ~Trajectory.transform_image
      ~Trajectory.znorm