Index

_

__init__() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory4D method) (celltraj.trajectory_legacy.TrajectorySet method)

A

afft() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) align_image() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method)

apply3d() (in module celltraj.features), [1] assemble_dmat() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) axes (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1]

B

boundaryCB_FFT() (in module celltraj.features), [1]

boundaryFFT() (in module celltraj.features), [1]

C

cellblocks (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1] cells_frameSet (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1] cells_imgfileSet (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1] cells_indimgSet (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1] cells_indSet (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1] celltraj module cellTraj (class in celltraj.celltraj_1apr21) celltraj.celltraj_1apr21 module celltraj.cli module celltraj.features module, [1] celltraj.imageprep module, [1] celltraj.model module, [1] celltraj.spatial module, [1]

celltraj.trajectory module, [1] celltraj.trajectory_legacy module celltraj.translate module, [1] celltraj.utilities module, [1] clean_clusters() (in module celltraj.model), [1] clean_labeled_mask() (in module celltraj.imageprep), [1] cluster_cells() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) cluster_trajectories() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) colorbar() (in module celltraj.utilities), [1] constrain_volume() (in module celltraj.spatial), [1] create_h5() (in module celltraj.imageprep), [1] crop_image() (in module celltraj.imageprep), [1]

D

dist() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) (in module celltraj.utilities), [1]

dist_to_contact() (in module celltraj.imageprep), [1] (in module celltraj.utilities), [1] dist_with_masks() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method)

E

expand_registered_images() (in module celltraj.imageprep), [1] explore_2D_celltraj() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) explore_2D_celltraj_nn() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method)

explore_2D_img() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) explore_2D_nn() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method)

F

feat_comdx() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) featBoundary() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) (in module celltraj.features), [1] featBoundaryCB() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (in module celltraj.features), [1]

featHaralick() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) (in module celltraj.features), [1] featNucBoundary() (in module celltraj.features), [1] featSize() (in module celltraj.features), [1] featZernike() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) (in module celltraj.features), [1]

G

get_adhesive_displacement() (in module celltraj.spatial), [1] get_all_trajectories() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_alpha() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_avdx_clusters() (in module celltraj.model), [1] get_beta() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_border_dict() (in module celltraj.spatial), [1] get_border_profile() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) get_border_properties() (in module celltraj.spatial), [1] get_border_properties_dict() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_borders() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) get_bunch_clusters() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) get_cc_cs_border() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (in module celltraj.features), [1] get_cdist() (in module celltraj.utilities), [1] get_cdist2d() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) (in module celltraj.utilities), [1] get_cell_blocks() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_cell_boundary_size() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_cell_bunches() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) get_cell_centers() (in module celltraj.imageprep), [1] (in module celltraj.utilities), [1] get_cell_channel_crosscorr() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_cell_children() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_cell_compartment_ratio() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_cell_data() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_cell_features() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_cell_images() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_cell_index() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_cell_intensities() (in module celltraj.imageprep), [1] get_cell_neighborhood() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_cell_parents() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_cell_positions() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_cell_sandwich() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_cell_trajectory() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_cellborder_images() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_cellboundary_library() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_cells_nchildren() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_clean_mask() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) get_comdx_features() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_committor() (in module celltraj.model), [1] get_contact_boundaries() (in module celltraj.features), [1] get_contact_labels() (in module celltraj.features), [1] get_contactsum_dev() (in module celltraj.imageprep), [1] get_cyto_minus_nuc_labels() (in module celltraj.imageprep), [1] get_dmat() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) (in module celltraj.utilities), [1] get_dmat_vectorized() (in module celltraj.utilities), [1] get_dmatF_row() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_dmatRT_row() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_dx() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_dx_alpha() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_dx_rdf() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_dx_tcf() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_dx_theta() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_embedding() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_entropy_production() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_feature_map() (in module celltraj.imageprep), [1] get_flux_displacement() (in module celltraj.spatial), [1] get_flux_ligdist() (in module celltraj.spatial), [1] get_fmask_data() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_fmaskSet() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_frames() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_gaussianKernelM() (in module celltraj.model), [1] get_H_eigs() (in module celltraj.model), [1] get_image_data() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_image_shape() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_images() (in module celltraj.imageprep), [1] get_imageSet() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_imageSet_trans() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_imageSet_trans_turboreg() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_intensity_centers() (in module celltraj.imageprep), [1] get_kernel_sigmas() (in module celltraj.model), [1] get_kineticstates() (in module celltraj.model), [1]

get_koopman_eig() (in module celltraj.model), [1] get_koopman_inference_multiple() (in module celltraj.model), [1] get_koopman_modes() (in module celltraj.model), [1] get_kscore() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (in module celltraj.model), [1] get_label_largestcc() (in module celltraj.imageprep), [1] get_labeled_mask() (in module celltraj.imageprep), [1] get_labels_fromborderdict() (in module celltraj.spatial), [1] get_landscape_coords_umap() (in module celltraj.model), [1] get_lineage_btrack() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_lineage_bunch_overlap() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_lineage_min_otcost() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_lineage_mindist() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_linear_batch_normalization() (celltraj.trajectory_legacy.TrajectorySet method) (in module celltraj.utilities), [1] get_linear_coef() (celltraj.trajectory_legacy.TrajectorySet method) (in module celltraj.utilities), [1] get_LJ_force() (in module celltraj.spatial), [1] get_mask_2channel_ilastik() (in module celltraj.imageprep), [1] get_mask_data() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_masks() (in module celltraj.imageprep), [1] get_meshfunc_average() (in module celltraj.utilities), [1] get_minRT() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_minT() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_morse_force() (in module celltraj.spatial), [1] get_motifs() (in module celltraj.model), [1] get_motility_features() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_neg_overlap() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_neighbor_feature_map() (in module celltraj.features), [1] get_nndist_sum() (in module celltraj.imageprep), [1] get_nuc_displacement() (in module celltraj.spatial), [1] get_null_correlations() (in module celltraj.translate), [1] get_ot_displacement() (in module celltraj.spatial), [1] get_ot_dx() (in module celltraj.spatial), [1] get_pair_cluster_rdf() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_pair_distRT() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_pair_rdf() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_pair_rdf_fromcenters() (in module celltraj.imageprep), [1] get_pairwise_distance_sum() (in module celltraj.utilities), [1] get_path_entropy_2point() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (in module celltraj.model), [1] get_path_ll_2point() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (in module celltraj.model), [1] get_pca() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_pca_fromdata() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (in module celltraj.features), [1] get_predictedFC() (in module celltraj.translate), [1] get_registration_expansions() (in module celltraj.imageprep), [1] get_registrations() (in module celltraj.imageprep), [1] get_scaled_sigma() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_secreted_ligand_density() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (in module celltraj.spatial), [1] get_signal_contributions() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_slide_image() (in module celltraj.imageprep), [1] get_stack_trans() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_stack_trans_frompoints() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) get_stack_trans_turboreg() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) get_state_decomposition() (in module celltraj.translate), [1] get_steady_state_matrixpowers() (in module celltraj.model), [1] get_surface_displacement() (in module celltraj.spatial), [1] get_surface_displacement_deviation() (in module celltraj.spatial), [1] get_surface_gradvariance() (in module celltraj.spatial), [1] get_surface_points() (in module celltraj.spatial), [1] get_tcf() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_tf_matrix_2d() (in module celltraj.imageprep), [1] get_tile_order() (in module celltraj.imageprep), [1] get_traj_ll_gmean() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (in module celltraj.model), [1] get_traj_segments() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_trajAB_segments() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] get_trajectory_embedding() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_trajectory_steps() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_transition_matrix() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (in module celltraj.model), [1] get_transition_matrix_CG() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) (in module celltraj.model), [1] get_tshift() (in module celltraj.utilities), [1] get_unique_trajectories() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_volconstraint_com() (in module celltraj.spatial), [1] get_voronoi_masks() (in module celltraj.imageprep), [1] get_voronoi_masks_fromcenters() (in module celltraj.imageprep), [1] get_Xtraj_celltrajectory() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_xtraj_tcf() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) get_yukawa_force() (in module celltraj.spatial), [1]

H

histogram_stretch() (in module celltraj.imageprep), [1]

I

image_shape (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1]

initialize() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method)

L

list_images() (in module celltraj.imageprep), [1] load_dict_from_h5() (in module celltraj.utilities), [1] load_for_viewing() (in module celltraj.imageprep), [1]

load_from_h5() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] load_ilastik() (in module celltraj.imageprep), [1] local_threshold() (in module celltraj.imageprep), [1]

M

make_odd() (in module celltraj.imageprep), [1] manual_fate_validation() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1] meanIntensity() (in module celltraj.features), [1] module celltraj celltraj.celltraj_1apr21 celltraj.cli celltraj.features, [1] celltraj.imageprep, [1] celltraj.model, [1] celltraj.spatial, [1] celltraj.trajectory, [1] celltraj.trajectory_legacy celltraj.translate, [1] celltraj.utilities, [1]

N

nchannels (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1] ndim (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1] nmaskchannels (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1]

nx (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1] ny (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1] nz (celltraj.trajectory.Trajectory attribute), [1]

O

organize_filelist_fov() (in module celltraj.imageprep), [1]

organize_filelist_time() (in module celltraj.imageprep), [1]

P

pad_image() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) (in module celltraj.imageprep), [1] plot_embedding() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) plot_pca() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method)

prepare_cell_features() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) prepare_cell_images() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) prune_embedding() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method)

R

recursively_load_dict_contents_from_group() (in module celltraj.utilities), [1] recursively_save_dict_contents_to_group() (in module celltraj.utilities), [1]

rescale_to_int() (in module celltraj.imageprep), [1] (in module celltraj.utilities), [1]

S

save_all() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) save_dict_to_h5() (in module celltraj.utilities), [1] save_dmat_row() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) save_for_viewing() (in module celltraj.imageprep), [1] save_frame_h5() (in module celltraj.imageprep), [1] save_to_h5() (celltraj.trajectory.Trajectory method), [1]

seq_in_seq() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) show_cells() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) show_cells_from_image() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) show_cells_queue() (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method) show_image_pair() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory method)

T

totalIntensity() (in module celltraj.features), [1] Trajectory (class in celltraj.trajectory), [1] (class in celltraj.trajectory_legacy) Trajectory4D (class in celltraj.trajectory_legacy)

TrajectorySet (class in celltraj.trajectory_legacy) transform_image() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) (in module celltraj.imageprep), [1]

U

update_mahalanobis_matrix_flux() (in module celltraj.model), [1] update_mahalanobis_matrix_grad() (in module celltraj.model), [1]

update_mahalanobis_matrix_J() (in module celltraj.model), [1] update_mahalanobis_matrix_J_old() (in module celltraj.model), [1]

Z

znorm() (celltraj.celltraj_1apr21.cellTraj static method) (celltraj.trajectory_legacy.Trajectory static method) (in module celltraj.imageprep), [1]